un amplio presbítero elevado, ábside lateral hacia el este y una capilla colindante con cúpula hacia el suroeste llamada Capilla de la Orden Tercera; su fachada mide 25 m. de alto, es ecléctica y posee elementos barrocos y renacentistas. Posee un aforo aproximado de 400 personas. Los residentes del templo son la Orden Jesuita en el Templo Mayor y la Orden Francisca en la Capilla de la Orden Tercera.

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Modificaciones de la iglesia durante el siglo XVIII.

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En 1745, se realiza una gran reconstrucción del templo de San Francisco, la cual sería el inicio de un gran momento para esta edificación, pues a la par de modificar sustancialmente sus áreas y dimensiones, se añadieron motivos para engalanar con preciadas obras todos sus espacios. Demoliendo los diversos compartimientos que hacían de pequeñas capillas laterales, se ampliaron las tres naves centrales, elevando la nave central mediantes imponentes arcos intercomunales, ensanchando y embelleciendo la fachada, y construyéndole al lado un gracioso y pequeño campanario.